Ovaj program služi za analizu protoka vode u stanju mirovanja ili gibanja (procjeđivanje). Primjenom svojstava materijala i početnih uvjeta na rubovima modela, program proračunava razvoj i stanje mirovanja raspodjele pornog pritiska, stupanj zasićenosti u nezasićenoj zoni, brzinu procjeđivanja i dotok/izljev unutar modela. Krajnja tablica podzemnih voda se može uvesti u standardnu analizu naprezanje-deformacija. Protok vode je dodatni modul programa MKE za analizu općih geotehničkih problema.